而就在2004年，賴幸媛代表“臺(tái)聯(lián)黨”當(dāng)選“立委”，也自此與李登輝結(jié)下緣份。

2008年馬英九當(dāng)選當(dāng)局領(lǐng)導(dǎo)人，邀請(qǐng)賴幸媛?lián)未箨懯聞?wù)主管部門負(fù)責(zé)人一職，在臺(tái)灣政壇投下震撼彈，賴幸媛在“臺(tái)聯(lián)黨”設(shè)置了3大前提條件下應(yīng)允就任，但賴幸媛就任沒多久，即因?qū)砂墩叩目捶ú煌?，而與“臺(tái)聯(lián)黨”漸行漸遠(yuǎn)。

2008年10月14日“臺(tái)聯(lián)黨”要求賴幸媛在3天內(nèi)辭去大陸事務(wù)主管部門負(fù)責(zé)人職務(wù)，否則將開除黨籍。3個(gè)小時(shí)后賴幸媛主動(dòng)退出“臺(tái)聯(lián)黨”。

賴幸媛當(dāng)年在爭議中就任，外界認(rèn)為賴幸媛只是馬英九彰顯藍(lán)綠合作的樣板。但賴幸媛接掌大陸事務(wù)主管部門后，致力于臺(tái)當(dāng)局大陸政策的宣傳推廣，也帶動(dòng)各部門一起下鄉(xiāng)，宣傳政情。

2012年馬英九連任，評(píng)論普遍認(rèn)為是當(dāng)局兩岸政策及“九二共識(shí)”的勝利，當(dāng)中大陸事務(wù)主管部門的確居功厥偉。

賴幸媛捍衛(wèi)兩岸政策的意志令許多人印象深刻，4年多來，兩岸關(guān)系已有大幅邁進(jìn)，賴幸媛此時(shí)出任駐世界貿(mào)易組織(WTO)負(fù)責(zé)人，應(yīng)背負(fù)了更深的期待。